鱼真菌感染的主要病原体为水霉菌、棉霉菌等。通常是捕捉、搬运时操作不小心擦伤皮肤，鳞片脱落，或因寄生虫破坏表皮（鳃部），或因水温过低冻伤皮肤，以致水霉菌的孢子侵入伤口而受到感染，霉菌从鱼体伤口侵入后，吸取皮肤组织细胞内的营养物质，并迅速地向体外生长。

当菌丝与伤口的细胞组织缠绕粘附，会使组织坏死，鱼会失去应有的体表光泽，随后活动迟钝，常呈呆滞状浮在水面，同时鱼食欲减退，游动失常，最后死亡。在鱼卵孵化过程中也常发生肤霉病感染，菌丝侵入卵膜，在卵膜外面着生菌丝，逐渐覆盖其它鱼卵，严重时发霉的鱼卵会将霉菌传播给附近的健康卵，使胚胎在孵化过程中死亡，大大降低孵化率。

通过临床症状即可进行诊断。

疾病初期：（治愈率：高）

若仅一只鱼发病，可依照正常方式，隔离治疗，原缸下重盐，每天大量换水，持续三至五天，若停药一星期之后，没有新的鱼只发病，即可确定以控制病情。

疾病中期：（治愈率：3～5成）

若隔离第一只病鱼，数天之后原缸仍然出现病鱼，就代表疾病已在原缸中蔓延开来。此时可采用两种方式。

方法一是隔离病鱼，病鱼缸与原缸下重药，每日换水，将过滤绵全部更新，尽量减少细菌数量，持续两周，若没有新的鱼只发病，即可确定控制病情，若新的病鱼不断出现，则使用方法二。

方法二是逆向操作。将外表健康的鱼移至新缸，如果可能最好是一只一缸。健康的鱼以黄药和重盐药浴三至五天，停药后一星期没发病即是没有被传染的危险，若发病则移至病鱼缸。病鱼缸采用轻量药剂长期治疗，并辅以每天100％换水，两天喂一次，喂完之后马上换水。持续此步骤直到缸中的鱼症状消失回复活力，或是持续到鱼全部挂光为止。

若是对病鱼缸中的鱼已经放弃希望，可以考虑使用福马林或过猛酸甲等强力药物，并以短时间药浴的方式治疗一次至两次，若能侥幸存活，通常也可算治疗成功（但通常是有后遗症，而且也活不长）。

若仍然不幸倒缸，切记先将所有设备用热水烫过，重新养水，在放入新的鱼只，以免重蹈覆辙。